公务员依法行政面临的挑战主要包括以下几个方面：
1.公务员依法行政意识不强:在我国，由于历史原因，造成基层政府中工作人员的素质不高，依法行政的意识淡薄，这是我国建立法治政府的一大重要障碍。基层政府工作人员是我国执行行政职能的基本主体，如果不解决基层政府工作人员依法行政的意识，那么依法治国的目标将难以实现。
2.民众的法律意识淡薄:民众作为行政执法的土壤，他的法律意识的强弱可以直接影响行政执法，意识强则促进依法行政，反之，则放纵违法行政。在面对执法时，他们不知道自己拥有什么权利，也不知道将如何补救自己受到侵害的权利，这无疑为违法行政提供了温床。
3.对行政行为的监督乏力:从理论上讲，我国对行政行为的监督体系是相当完备的，有党委，上级政府、人大、政协、监察部门、新闻媒体等多种监督部门。然而，由于行政工作的繁多与违法行政的隐蔽，监督乏力也就在所难免了。另外，《行政监察法》并没有规定对违法行政监督要承担何种法律责任，给违法行政提供了宽松的环境。
4.用人制度的缺陷:我国的用人制度主要是“选举制”和“任命制”，而选举制也带有“任命制”的精神内核。这种用人制度就容易促使执法者为迎合领导意愿违法办理“人情案”和“关系案”，从而为基层政府工作人员依法行政带来了诸多障碍。
5.宗派及黑恶势力的干扰:近些年来，宗派及黑恶势力的发展较为猖獗。宗派等黑恶势力称霸一方，欺压百姓，藐视政府，干扰政府的工作。在宗派等黑恶势力发展的同时，其背后往往有某些政府部门人员的支持，使得基层政府工作人员执法的力度得不到加强，政府部门的威信受损。
6.公务员依法行政能力不足:我国公务员依法行政能力还比较弱，严重影响了我国政府的形象和社会的健康发展，不利于公民利益的维护和政府执政地位的稳固。
以上就是公务员依法行政面临的挑战，为了克服这些挑战，我们需要从提高公务员依法行政意识、提升民众法律意识、加强行政行为监督、改革用人制度、打击宗派及黑恶势力等方面着手，全面提升公务员依法行政的能力。
